饲料生产是通过一系列加工设备与输送设备组合而成的，合理设计工艺和选择设备也是安全饲料生产中的重要环节。主要是减少加工过程物料分级和残留，同时利用加工过程中的热处理来消除原料中抗营养因子和有害微生物的影响。
1.加工过程的分级在饲料加工中，饲料组分的密度差异、载体颗粒度的不同以及添加剂等微量组分与饲料中的其他用量较大组分之间混合不充分，这是产生分级的重要原因。原料的输送、装料和卸料等加工流程也会造成分级，手工操作和加工工艺流程设计不当也易造成分级。减小分级的措施是合理设计饲料加工工艺流程和选择优质精密的设备;通过调整原料的组成和粉碎的粒度来保证原料混合的均匀;对微量组分进行有效承载，以改变微量组分的混合特性;添加液体组分来增加粉料的粘结;将产品进行制粒或膨化也有助于避免上述现象的发生。对于粉状产品(尤其是复合预混料)，混合以后的成品粉状料应尽量减少输送距离以减小物料分级的影响。
2.加工过程的残留污染许多因素可造成饲料在设备中的残留导致交叉污染。如在工艺设计和设备选择上采取相应的措施，则可以减少残留的产生。在工艺设计上，输送过程尽量利用分配器和自流的形式，少用水平输送。对于水平输送设备，例如螺旋输送机、刮板输送机由于结构原因或多或少地存在残留，应在设备设计时要求物料易进入和易清理，或采用带自清功能刮板输送机。在满足工艺要求的条件下，尽量减少物料的提升次数和缓冲仓的数量。吸风除尘系统尽可能设置独立风网，将收集的粉尘直接送回原处以免二次污染，尤其是加药的复合预混料的生产更应这样处理。微量组分的计量应尽量安排在混合机的上部，如果在计量和称重后必须提升或输送则必须使用高密度气力输送以防止分级和残留。药物类等高危险微量组分则必须直接添加到混合机中。加药饲料生产应尽可能采用专用生产线，以最大限度地降低交叉污染的危险性。为减少残留对饲料的影响可设计一些清洗装置，利用压缩空气对某些设备特殊部位进行清理。在设备选用上，应该确定计量设备电子种和混合设备的精度，计量设备和电子秤在量程选择上应根据不同配比物料性质来确定，采用木同量程的计量设备来满足不同物料量对计量的要求。在配合饲料与复合预混料生产上，混合机的选择是重要的，混合机应该能够在十万分之一的配比浓度下达到变异系数不大于5%的混合精度。混合机的设计应该保证在每一批次物料混合完毕后只有尽量少的物料残留在混合机中。由于粒度不同和生产的最终产品要求不同，预混合饲料生产中，物料的粒度小，混合均匀度要求高，要求的残留少，物料在混合过程中有静电产生，在选择混合机时应充分考虑混合物料特性对混合机的要求不同。斗式提升机、溜管、配料和缓冲作用的料斗也会产生残留，选择设备时应要求溜管、料仓、料斗的内表面光滑，不留死角。不合理液体添加方式对物料的残留也会带来影响，要予以注意。
3.热处理工艺的应用传统的制粒之前调质热处理的效果取决于温度、时间以及蒸汽的质量。调质的作用是为了提高颗粒饲料的质量，改善饲料消化率，同时可以破坏原料中抗营养因子，杀灭原料中有害微生物，使颗粒饲料的卫生品质得到控制。这种调质处理受到颗粒机结构限制，调质效果并不理想。目前在调质处理上进行了改进，主要是用增加调质的距离来延长调质时间，使调质后饲料的卫生质量得到提高。另一种方法是采用膨胀或挤压膨化方法，充分利用时间、温度，并结合机械剪切和压力，处理强度高，杀菌的效果更明显。膨胀或挤压膨化调质使饲料的卫生质量得到较好保证。
4.外喷涂应用的问题热敏物质在热处理过程中会造成损失，因此在调质过程可以不加入，而通过外喷涂方式进行添加。这些物质被加到颗粒的表面，在输送或运送过程中可能会造成颗粒粉化，表面外涂物质粉化后产生富集影响均匀分布。因此，颗粒外涂要使外涂物料与颗粒结合紧密，颗粒加工质量是外涂品质的保证，通常挤压膨化产品外涂的效果较理想。
