从理论上讲对饲料霉菌毒素的脱毒方法有多种，但在生产中真正能完全除尽霉菌毒素而又较实用的方法很难找到
(1) 物理脱毒。剔除发霉或破损的籽粒，脱去含毒素较多的籽粒外皮或胚芽，或用清水淘洗，或通目晒、辐射、加热等方法以减少毒素含量或毒性。其中的某些方法可杀死部分霉菌，但对霉菌所产生的毒素难以消除。还可用吸附剂吸附霉菌毒素物质以减少毒素在动物肠道的吸收，但吸附剂并不能吸附各种不同的毒素，而且往往同时还吸附一些饲料中的营养物质，降低了饲料的营养价值。
(2)化学脱毒。某些霉菌毒素可被部分的化学药物破坏降解，如通常用碱水洗涤发霉的籽粒，用氨水可降解一部分黄曲霉毒素等，但不同的化学物质往往只对某种毒素有效而对其它毒素不能降解。用化学方法脱毒会有化学物质在饲料中有高残留的问题，从而又产生了新的有毒有害作用。
(3)生物脱毒。主要有酶解法和微生物发酵法，此类方法同样仅对某种毒素有一定作用，而且酶不耐热，在饲料加工过程容易失活，而微生物发酵法的作用缓慢。使用生物脱毒法成本较高且效果不稳定，所以在生产实践中尚难推广应用。
(4)其它脱毒法。在饲料中添加益生素以保持肠道菌群平衡，增强机体的免疫力以减轻毒素的危害也有在饲料中添加抗氧化剂、含硫氨基酸、维生素和微量元素等，以减轻霉菌毒素的有害作用，它们对毒素没有特异性。
