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相对普通豆粕，发酵豆粕的优点是：1.零抗原，减少对肠胃刺激，控制营养性下痢，解决乳猪断奶应激，提高日增 .2.蛋白质大部分已被降解为小肽。
消化率高，吸收速度快，减少因消化而消耗的能量，提高饲料报酬。3.富含活性有益菌，调理胃肠道菌种平衡，减少肠道疾病。减少养殖环境的臭气。在水产饲料中使用有益菌进入水体可以维持水体的微生态平衡，改善，稳定水质。4.富含乳酸，生长因子，维生素。具有特殊发酵香味。营养均衡全面，适口性好。
影响发酵豆粕质量的关键因素是豆粕原料的好坏；菌种的选择及配伍；生产工艺的优劣。
原料的重要性在所有产品中都是重要的，不能选择发霉变质的原料，因发酵豆粕的生产中大原料是不灭菌的（生产菌种用原料是要灭菌的），新鲜豆粕所含杂菌极少，不灭菌也能控制好产品质量。而被污染的原料不灭菌发酵则会使结果变得更糟。菌种的选择则关系到最终产品的特性，一般可选用的有酵母菌、芽孢杆菌、乳酸菌、曲霉菌。
酵母菌具有强大的酶系，能产生多种有益物质，人类利用酵母菌已有几千年的历史，在酵母菌大类中属于病原菌的极少，安全性好。乳酸菌是作为益生菌最好的种类，但乳酸菌缺乏蛋白酶，对豆粕中大分子蛋白的降解作用有限，不过其产乳酸的能力很强。芽孢杆菌和曲霉菌含有丰富的蛋白酶，对豆粕的降解很有帮助。但缺点是在碱性环境下芽孢杆菌有可能把蛋白质变成氨，从而起到相反的作用。曲霉菌中有些种类会产生毒素，因为是在粗放的环境中生产，如果把环境调到适合好的曲霉生长，那些坏的曲霉有可能也会生长。生产工艺的制定同所选用的菌种是紧密相关的，这涉及到目标菌生长及产酶所需要的合适温度，PH，湿度等。所有这些因素的组合决定了最终产品的质量。
有人认为，发酵豆粕并不能完全解决其抗营养因子的困扰，这可能是一种误解，豆粕经过发酵后完全可以彻底去除抗营养因子，但这样加工成本很高，其成本加到产品售价中用户难以接受，而现在这种降解程度及售价是性价比最高的。同时很多用户并不是全部使用发酵豆粕，而是使用一部分发酵豆粕，一部分普通豆粕，从而导致不能完全解决抗营养因子的感觉，再者，可能有人使用的产品质量不过关。
目前，市场上有各类发酵豆粕，判断其质量好坏主要从以下几个方面考虑：一是颜色气味，各厂家可能不一样，这主要决定于其所选用的菌种及发酵工艺，但同一厂家基本是稳定的，应该闻不到生豆粕的气味；二是各项营养指标包括粗蛋白、粗纤维、粗灰分等，粗蛋白应该大于豆粕；粗纤维、粗灰分同豆粕差不多。三是其他指标如：小肽、脲酶、大分子蛋白。小肽含量高的好，而脲酶则含量越低越好，大分子蛋白降解的彻底的好。
